В 1789 году умер Магомед-хан. На престол взошел его сын Сурхай II.
С конца XVIII века, возобновляется экспансия Российской империи в Дагестане и одним из главнейших предводителей горского сопротивления становится Сурхай-хан II Кун Бутта Казикумухский (1744-1827 гг.). Сурхай хан II был алимом, хафизом знавшим Коран наизусть. Он реставрировал три мечети в Кумухе: Бурхай мечеть, мечеть Кадия и пятничную мечеть. Мечеть в Тпиге, также была отреставрированна Сурхаем. Сурхай-хан II имел двух жен: первая была лачка и от нее было 4 сына и дочь, вторая была аварка, вдова его брата Шахмардан-бека, сестра Аварских ханов, Умма хана и Ахмед Султан хана. Дочь Сурхай хана II Гюль-андаш ханум была замужем за хана Ширвана Мустафой, родственника Сурхая II.

Турция, недовольная результатами договора с Россией, начала широкую подготовку с целью возвращения на Кавказ. Турецкий султан направил фирман к Сурхай-хану II, призывая его выступить против России. В 1795 г. новый Шах Ирана Агамагомед-хан также направил к Казикумухскому хану фирман, в котором сообщал о своем восшествии на престол.

В 1796 г. Екатерина II отправила генерал-аншефа Зубова для дальнейшего завоевания южного Дагестана. Турция вновь посылает своего эмиссара к казикумухскому и аварскому ханам с крупной суммой денег и предложением выступить против России. Умма-хан Аварский отказался выступить против России. Было связанно с тем что русские предложили Умма-хану 5000 рублей, те что он получал от грузинского царя, на что он и согласился. Также азербайджанские правители вступив на русскую службу подставили южную границу Сурхай-хана II, от Дербента до Грузии, под удар русских.

Сурхай-хан II, хотя порой давал присяги в письменном виде, категорически отказывался подписывать трактат от русского царя, согласно которому его территория считалась бы частью России. Казикумухские правители исторически считали себя наравне с шахом Персии, царём России, султаном Турции, и подчёркивали что Дагестан является независимым государством. Так ещё во времена Сурхай-хана I, когда сто тысячная армия Петра I стояла на подступах к Кази-Кумуху, Пётр I отправил своих послов к Сурхай-хану I с предложением капитулировать. Сурхай-хан I разрубил послов на куски и выбросил их у русской крепости. Сурхай-хан II решил воевать, хотя многие общества Лакии были против этого. Сурхай-хан II и его люди ездили по лакским аулам и требовали чтобы из каждых двух домов один человек готов был идти на газават, а который не послушает, у того дом разорят и имущество будет отнято.

Ермолов писал: Сурхай-хан Казикумухский самый хитрейший из мусульманских владетелей. Гордин Я. А. писал что Сурхай-хан II есть один из храбрейших и сильнейших лезгинских владельцев в Дагестане.

Сурхай-хан II требовал у русских признания его территорий, в частности Кубы и Джаро-белоканов. В Кубинском ханстве и Джаро-белоканах проживали етнические дагестанцы которые желали быть под флагом Казикумухских ханов.

В 1796 г. войска генерала Зубова в короткие сроки захватили Кубу и осадили Дербент. У Зубова были опытные командиры - Савельев, Римский-Корсаков, Глазенап и Ермолов. Племянник Сурхай-хана II, Ших Али-хан Дербентский, смело оборонялся. Сурхай-хан II с 10 тысячным отрядом ударил в тыл Зубова, но против 56 тысячного войска русских успеха не имел. Через три месяца осады Дербент был взят а Ших Али-хан пленён. Позднее Ших Али-хан бежал из плена к Сурхай-хану II. После смерти Екатерины II, русские войска вышли из южного Дагестана. Сурхай-хан II с 15 тыс. войском двинулся на Кубу и появившись внезапно под селением Алпан, нанёс поражение генералу Бакунину, истребив его батальон. Сурхай-хан II отходил в горы Дагестана, против него пошли генерал-майор Булгаков, Гасан-хан Кубинский, Соболев с Уцмием Мехти ханом, сын Шамхала и Рустам Кази. Сурхай-хан II попал в окружение и должен был дать клятву которую он в скором времени нарушил. 

Али Каяев пишет в 1797 году Сурхай хан II дал крупные сражения в Карачаево-Черкесии и победил русских. В память об этом в Карачаево-Черкесии сохранились села Сурхайли и Лакшукай.

В ночь с 22 октября 1803 г. Сурхай-хан II с войском 8 тыс. дагестанцев, перешёл Алазань, и напал на отряд кабардинского и гренадёрского батальона тифлисского полка, под командованием генерал-майора Гулякова которому удалось отразить нападение.

В 1804 г. в Джаро-белоканах 15 января, Халид-бек, сын Сурхай-хана II, заманил карательный отряд генерала Гулякова в теснину гор где русские были разбиты, погиб и сам Гуляков. Халид-бек стал любимцем горцев, про него было сложено много песен. В одной из них говорилось: Разверни Халид златоконечное знамя, ведь тебя ждут юноши-джигиты. В начале 1811 г. Нух-бек, также сын Сурхай-хана II, разгромил русские войска у крепости Зиахур. Против него выступил генерал Хатунцев. Нух-бек с боями отступал в горы Дагестана. Из Дербента генерал Глазенап снарядил специальную экспедицию для поимки Сурхай хана II, виновника всех бед. Но отважный Сурхай-хан II осадил Дербент и захватил город. Русские отступили к Кизляру.

В декабре 1811 г. войска Нух-бека и Ших Али-хана двинулись на захват Кубы, где при ауле Густав произошло сражение с генералом Хатунцевым. Дагестанцы отступили.Сурхай-хан II столкнулся с Хатунцевым близ селения Шехиюрт, где после кровопролитного боя отступил. Сурхай-хан II бросился на перешедшего в наступление Хатунцева у аула Татархан, затем отступил в Курах. В 1811 году 15 декабря, генералы Гурьев и Хатунцев осадили крепость Курах. Оборону передовой башни Сурхай-хан II поручил сорока храбрецам из Мичийского магала Лакии под руководством Чупана Хайхинского. Штурм противника горцы отражали метким огнем и кинжальными контратаками. В полночь башня под огнем пушек рухнула, и завязался рукопашный бой. Курах был взят. Сурхай-хан II с остатками войск вернулся в Кази-Кумух. Генерал Хантунцев поручил управление Кюрой Аслан-беку, сыну Шахмардан-бека.

В это время жители Казикумуха обратились к хану с просьбой прекратить войну, уносившие жизни многих горцев и приводившие их к полному разорению, также жаловалуясь что лишены возможности пасти овец на зимних пастбищах, так как равнинный Дагестан контролировался русскими гарнизонами.

По поручению Филиппа Паулуччи, главнокомандующего кавказской армией, генерал Хатунцев начал вести переговоры с Сурхай-ханом II, требуя у него сдаться и выдать Ших Али-хана и Нух-бека в качестве аманатов. Сурхай-хан II отказался от всего. В ответ Хатунцев со своим войском предпринял поход на Кази-Кумух, но под Хосрехом потерпел большое поражение от ханской дружины. Хатунцев должен был отступить оставив много убитых в ущельях Хосреха.

В 1812 г. Хатунцев в очередной раз двинулся к Кази-Кумуху. Видя что силы неравны,Сурхай-хан II начал переговоры и отправил своего сына Муртазали-бека который принёс к Хатунцеву подписанный и скрепленный печатью отца присяжный лист и письмо. Сурхай-хан II просил возвращения военнопленных лаков, и отказался платить какие либо налоги ссылаясь на бедность своего ханства.

В мая 1813 г. Сурхай-хан II, изменив своей клятве, с ополчением лакцев напал на Курахский гарнизон, но был отбит Аслан-беком и вернулся в Кази-Кумух. Сурхай-хан II передал управление ханством сыну Муртазали-беку, а сам тайно уехал в Тебриз просить помощи у Шаха Абас-Мирзы. Сурхай-хан II не смог склонить Шаха на свою сторону в виду заключенного с русскими 12 октября 1813 г. Гюлистанского мира, по которому Иран признавал победу России и присоединение к ней Восточной Грузии и Дагестана. Сурхай-хан II вернулся в Дагестан. На горных перевалах Сурхай-хан II столкнулся с русским отрядом милиции и казаков. Ханская дружина бросилась в неравный бой. Сурхай-хан II с раненной женой отступил. В августе 1815 г. Сурхай-хан II внезапно явился под Курахом и предпринял штурм русского гарнизона. Курахское укрепление было разгромлено, при этом пострадал батальон майора Поздревского. Сурхай-хан II отправлял своих людей во многие сёла Курахского округа, Акуши и Андалала, агитируя горцев принять участие в войне. Генерал Хатунцев тем временем продвинулся дальше и укрепился в селе Чирах.

В 1818 году Сурхай-хан II построил мощную крепость в Ахульго и вёл бои с русскими. Эта крепость стала называться "Сурхаева", которая ознаменовала победу Сурхай хана II в Ахульго. Видя что удача сопутствует Сурхай-хану II, правители Дагестана стали прислушиваться к нему. Сурхай-хан II послал казикумухцев на помощь к казанищенскому хану Гирей-беку Мехтулинскому. Уцмий Кайтагский вместе с акушинцами напал на генерала Пестеля. Сурхай-хан II и Аварский хан сражались с русскими в Балтуга.

В 1819 г. 19 октября Сурхай-хан II с 6 тысячами ополченцев напал на Чирахский гарнизон русских, но не взяв укрепление отступил к Хосреху. Спустя несколько месяцев в горах под знамёна Сурхай-хана II собралась 20 тыс. армия. Али Каяев писал: "во всех сражениях Сурхай-хана II с Россией, андалалцы всегда были на его стороне, под его знамёнами". Часть армии под сомандованием Нух-бека, Сурхай-хан II отправил на помощь акушинцам против генерала Мадатова, часть оставил в Кази-Кумухе, а с остальным войском двинулся снова к Чираху. Защитники Чирахской крепости стойко отстаивала башню в которой они заперлись, но отважные горцы под градом пуль ворвались в крепость и перебили всех. Кровавые бои разгорелись на улицах Чираха, которые к вечеру были запружены телами убитых защитников, из которых очень мало оставалось в живых. Хотя Сурхай-хан II и одержал полную победу в Чирахе, приказал своим войскам отступить в виду шедших на Чирах русских войск.

В 1820 г. генерал Ермолов решил прямой атакой захватить Кази-Кумух. В Ширване начали сосредотачиваться войска. Решающее сражение с русскими произошло 12 июня у села Хосрех где Сурхай-хан II и его сыновья прочно укрепились: были вырыты окопы и построенны укрепления. Генерал Мадатов с 25 тыс. войском русских, также ширванские, шекинские, кубинские и карабахские ополчения начали медленно продвигатся к Хосреху. Артиллерийским огнем русские преодалели оборону горцев. В этом бою погиб генерал Халид-бек и 1070 газиев. Хосрех был взят, и далее Кази-Кумух. В 1820 году после многолетней борьбы Сурхай-хана II против русских, Казикумухское ханство было завоёванно Российской империей. Ермолов писал по взятию Кази-Кумуха: страна сия гордая, воинственная, войска русские в первый раз появились в местах сих. В августе 1820 г. Сурхай-хан II переправляется в Персию к Фатх-Али-шаху, откуда вернулся лишь в июне 1826 году.

В начале декабря 1820 г. Аслан-хан подписал высочайший указ, по которому утверждался ханом каэикумухским и кюринским. Эту дату можно считать фактическим присоединением Казикумухского ханства к России. Отныне каэикумухский хан должен был выполнять только определенные, строго ограниченные русскими, функции. Аслан-хан поклялся за себя и наследников, что в управлении дарованного ему ханства не признает над собой иной власти, кроме русского императора, обязался повиноваться распоряжением русского командования на Кавказе, обещал не вступать в связи с соседние сторонами без его согласия. После принятия присяги Аслан-хан был возведен в чин генерал-майора. Ему пожалована инвеститурная грамота, знамя с российским гербом И сабля в драгоценных ножнах.

В 1827 г. Сурхай-хан II умер в андалалском селе Согратль в возрасте 83 лет. Нух-бек и другие генералы армии Сурхай-хана II навсегда покинули Дагестан переселившись в Турцию. Сурхай-хан II унаследовал от своего отца независимое Казикумухское государство и российское вторжение в Дагестан должно было сравниваться с персидским во времена Сурхай-хана I, которое горцы успешно отразили.

Сурхай-хан II дал десятки сражений, из них наиболее крупные под Баку, Дербентом, Тифлисом, Хосрехе, Ахульго, Чираге, Курахе, Картухе, Алазани, Кубе, Акуше, Бавтугае, Башлы, Ахалцихе, Ахалкалаке, в Картли, Кахетии, у крепостей Низовой, Бурной и Внезапной в Чечне, у крепости Сурхайли в Черкессии. Отчаянно бился отряд Сурхай-хан II при падении Ганжи. Пятьсот его отборных воинов последними защищали крепость, потом оборонялись в мечети. При осаде Еривана Цициановым, батальён Сурхая II проявил храбрость, так что генерал должен был отступить. Сурхай хан II одержал громкие победы во главе объединенных турецко-дагестанских войск при Карсе, Ардагане и Арзеруме.

После захвата Казикумухского ханства, в Дагестане распространяется суфизм, чему до этого мешал газават Сурхай-хана II. В 1823 году в Дагестан прибыл некий Хас-Мухаммад который начал распространять, конфликстующий с суннитским Исламом, суфизм. К этому времени в Азербайджане персидский вариант Ислама в форме шиизма и суфизма получил популярность, и сменил традиционный суннитский Ислам. Такой-же процесс начался в Дагестане.

В этот период Кавказской войны 1796-1827 гг., русские, преодалевая героическую оборону горцев, покорили Дагестан и Чечню. После войны, в российском подданстве находились все правители Северного Кавказа. Практически Кавказская война считалась завершённой, но впоследствии война разгорается с новой силой.